Windows ME ir jauninājums uz Windows 9x, un lielākā daļa programmatūras Windows 95 un Windows 98 darbosies ar Windows ME. Mēs sakām „vairākumu”, jo programmatūra, piemēram, pretvīrusu programma vai jebkura cita lietderība, kas paredzēta Windows 9x, nedarbosies (vai darbosies labi) Windows ME. Failu struktūra un konfigurācijas faili Windows ME ir nedaudz mainījušies. Tomēr spēles, programmas un cita programmatūra darbosies sistēmā Windows ME. Ja programmatūra nedarbojas, tai vajadzētu būt atjauninājumam, kas ļauj darboties.